| 湿地名 | 都道府県名 | 登録年 |
| 釧路湿原 | 北海道 | 昭和55（1980） |
| クッチャロ湖 | 北海道 | 平成元（1989） |
| ウトナイ湖 | 北海道 | 平成3（1991） |
| 厚岸湖・別寒辺牛 (べかんべうし) 湿原 | 北海道 | 平成5（1993） |
| 霧多布湿原 | 北海道 | 平成5（1993） |
| 宮島沼 | 北海道 | 平成14（2002） |
| 阿寒湖 | 北海道 | 平成17（2005） |
| 雨竜沼湿原 | 北海道 | 平成17（2005） |
| サロベツ原野 | 北海道 | 平成17（2005） |
| 濤沸湖 | 北海道 | 平成17（2005） |
| 野付半島・野付湾 | 北海道 | 平成17（2005） |
| 風蓮湖・春国岱 (しゅんくにたい) | 北海道 | 平成17（2005） |
| 大沼 | 北海道 | 平成24（2012） |
| 仏沼 | 青森 | 平成17（2005） |
| 伊豆沼・内沼 | 宮城 | 昭和60（1985） |
| 蕪栗沼・周辺水田 | 宮城 | 平成17（2005） |
| 化女沼 | 宮城 | 平成20（2008） |
| 志津川湾 | 宮城 | 平成30（2018） |
| 大山上池・下池 | 山形 | 平成20（2008） |
| 尾瀬 | 福島・新潟・群馬 | 平成17（2005） |
| 渡良瀬遊水地 | 茨城・栃木・群馬・埼玉 | 平成24（2012） |
| 涸沼 (ひぬま) | 茨城 | 平成27（2015） |
| 奥日光の湿原 | 栃木 | 平成17（2005） |
| 芳ヶ平湿地群 | 群馬 | 平成27（2015） |
| 谷津干潟 | 千葉 | 平成5（1993） |
| 葛西海浜公園 | 東京 | 平成30（2018） |
| 佐潟 | 新潟 | 平成8（1996） |
| 瓢湖 | 新潟 | 平成20（2008） |
| 立山弥陀ヶ原・大日平 | 富山 | 平成24（2012） |
| 片野鴨池 | 石川 | 平成5（1993） |
| 三方五湖 | 福井 | 平成17（2005） |
| 中池見湿地 | 福井 | 平成24（2012） |
| 藤前干潟 | 愛知 | 平成14（2002） |
| 東海丘陵湧水湿地群 | 愛知 | 平成24（2012） |
| 琵琶湖 | 滋賀 | 平成5（1993） |
| 円山川下流域・周辺水田 | 兵庫 | 平成24（2012） |
| 串本沿岸海域 | 和歌山 | 平成17（2005） |
| 中海 | 鳥取・島根 | 平成17（2005） |
| 宍道湖 | 島根 | 平成17（2005） |
| 宮島 | 広島 | 平成24（2012） |
| 秋吉台地下水系 | 山口 | 平成17（2005） |
| 東よか干潟 | 佐賀 | 平成27（2015） |
| 肥前鹿島干潟 | 佐賀 | 平成27（2015） |
| 荒尾干潟 | 熊本 | 平成24（2012） |
| くじゅう坊ガツル・タデ原湿原 | 大分 | 平成17（2005） |
| 出水 (いずみ) ツルの越冬地 | 鹿児島 | 令和3（2021） |
| 藺牟田 (いむた) 池 | 鹿児島 | 平成17（2005） |
| 屋久島永田浜 | 鹿児島 | 平成17（2005） |
| 漫湖 | 沖縄 | 平成11（1999） |
| 慶良間諸島海域 | 沖縄 | 平成17（2005） |
| 名蔵 (なぐら) アンパル | 沖縄 | 平成17（2005） |
| 久米島の渓流・湿地 | 沖縄 | 平成20（2008） |
| 与那覇湾 | 沖縄 | 平成24（2012） |