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発熱を訴える患者を他の患者から隔離した場所診察するシステム。

[補説]新型インフルエンザの感染拡大を防ぐ目的で基幹的医療機関に設置されたが、平成21年(2009)6月、患者数の増加対応するため、厚生労働省は、原則としてすべての一般医療機関で診療を行う指針発表。これを受けて発熱外来は廃止された。保健所等に設置された新型インフルエンザ相談センター(「発熱相談センター」から改称)で、適切な医療機関の紹介などの情報提供を行っている。
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