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光線の代わりに高電圧で加速されたイオンビームを用いた顕微鏡。1951年に米国の物理学者E=W=ミュラーが発明した電界イオン顕微鏡有名陽子、ヘリウム、リチウムなどのイオンを使い、金属の原子配列や金属表面への分子原子吸着観察などに用いられた。現在同様観察は主に走査型電子顕微鏡で行われ、イオン顕微鏡は元素分析に用いられることが多い。

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