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《endoはギリシャ語で内側の、phyteは植物の意》植物の体内に共生する真菌細菌などの微生物の総称。植物の生存に役立つ生理活性物質を産生するほか、家畜の中毒を引き起こす毒素をつくる微生物もいる。広義には根粒菌菌根菌も含まれる。内生菌。