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原生動物の一綱。一亜門とされることもある。単細胞で、1本以上の鞭毛をもつ。色素体をもつ植物性鞭毛虫と、もたない動物性鞭毛虫とに分けられ、植物性のものは植物として分類されることもある。ヤコウチュウミドリムシなど、プランクトンとして広く分布し、寄生する種もある。