平成11年(1999)から政府主導で行われた市町村合併。自治体を広域化することによって行財政基盤を強化し、地方分権の推進に対応することなどを目的とする。平成17年(2005)前後に最も多く合併が行われ、市町村合併特例新法が期限切れとなる平成22年(2010)3月末に終了。
[補説]市町村数の推移平成11(1999)
総数3232(市670、町1994、村568)
平成12(2000)
総数3229(市671、町1990、村568)
平成13(2001)
総数3227(市670、町1990、村567)
平成14(2002)
総数3223(市672、町1985、村566)
平成15(2003)
総数3212(市675、町1976、村561)
平成16(2004)
総数3132(市689、町1903、村540)
平成17(2005)
総数2521(市732、町1423、村366)
平成18(2006)
総数1821(市777、町 846、村198)
平成19(2007)
総数1804(市782、町 827、村195)
平成20(2008)
総数1793(市783、町 815、村195)
平成21(2009)
総数1777(市783、町 802、村192)
平成22(2010)
総数1727(市786、町 757、村184)
(各年とも3月31日時点での数)