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フェムト秒パルスレーザー励起光によって光子密度を高め、自然界ではまれにしか生じない二つの光子が原子同時吸収される現象を起こし、試料が発する蛍光観察する顕微鏡。長波長で低エネルギーのレーザーを用いるため、生体組織の深部(表面から1ミリメートル程度)まで励起光が届き、また、細胞などを傷つけずに観察することができる。三つ以上の励起光子を用いるものは多光子励起顕微鏡という。

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