[補説]独立行政法人の一覧（令和6年4月1日現在。＊印は行政執行法人）
内閣府所管
国立公文書館＊
北方領土問題対策協会
日本医療研究開発機構
消費者庁所管
国民生活センター
総務省所管
情報通信研究機構
統計センター＊
郵便貯金簡易生命保険管理・郵便局ネットワーク支援機構
外務省所管
国際協力機構
国際交流基金
財務省所管
酒類総合研究所
造幣局＊
印刷局＊
文部科学省所管
国立特別支援教育総合研究所
大学入試センター
国立青少年教育振興機構
国立女性教育会館
国立科学博物館
物質・材料研究機構
防災科学技術研究所
量子科学技術研究開発機構
国立美術館
国立文化財機構
教職員支援機構
科学技術振興機構
日本学術振興会
理化学研究所
宇宙航空研究開発機構
日本スポーツ振興センター
日本芸術文化振興会
日本学生支援機構
海洋研究開発機構
国立高等専門学校機構
大学改革支援・学位授与機構
日本原子力研究開発機構
厚生労働省所管
勤労者退職金共済機構
高齢・障害・求職者雇用支援機構
福祉医療機構
国立重度知的障害者総合施設のぞみの園
労働政策研究・研修機構
労働者健康安全機構
国立病院機構
医薬品医療機器総合機構
医薬基盤・健康・栄養研究所
地域医療機能推進機構
年金積立金管理運用独立行政法人
国立がん研究センター
国立循環器病研究センター
国立精神・神経医療研究センター
国立国際医療研究センター
国立成育医療研究センター
国立長寿医療研究センター
農林水産省所管
農林水産消費安全技術センター＊
家畜改良センター
農業・食品産業技術総合研究機構
国際農林水産業研究センター
森林研究・整備機構
水産研究・教育機構
農畜産業振興機構
農業者年金基金
農林漁業信用基金
経済産業省所管
経済産業研究所
工業所有権情報・研修館
産業技術総合研究所
製品評価技術基盤機構＊
新エネルギー・産業技術総合開発機構
日本貿易振興機構
情報処理推進機構
エネルギー・金属鉱物資源機構
中小企業基盤整備機構
国土交通省所管
土木研究所
建築研究所
海上・港湾・航空技術研究所
海技教育機構
航空大学校
自動車技術総合機構
鉄道建設・運輸施設整備支援機構
国際観光振興機構
水資源機構
自動車事故対策機構
空港周辺整備機構
都市再生機構
奄美群島振興開発基金
日本高速道路保有・債務返済機構
住宅金融支援機構
環境省所管
国立環境研究所
環境再生保全機構
防衛省所管
駐留軍等労働者労務管理機構＊