| 登録年 | 名称 | 種別 |
| 平成5（1993） | 法隆寺地域の仏教建造物 | 文化遺産 |
| 平成5（1993） | 姫路城 | 文化遺産 |
| 平成5（1993） | 屋久島 | 自然遺産 |
| 平成5（1993） | 白神山地 | 自然遺産 |
| 平成6（1994） | 古都京都の文化財（京都市、宇治市、大津市） | 文化遺産 |
| 平成7（1995） | 白川郷・五箇山の合掌造り集落 | 文化遺産 |
| 平成8（1996） | 原爆ドーム | 文化遺産 |
| 平成8（1996） | 厳島神社 | 文化遺産 |
| 平成10（1998） | 古都奈良の文化財 | 文化遺産 |
| 平成11（1999） | 日光の社寺 | 文化遺産 |
| 平成12（2000） | 琉球王国のグスク及び関連遺産群 | 文化遺産 |
| 平成16（2004） | 紀伊山地の霊場と参詣道 | 文化遺産 |
| 平成17（2005） | 知床 | 自然遺産 |
| 平成19（2007） | 石見銀山遺跡とその文化的景観 | 文化遺産 |
| 平成23（2011） | 平泉−仏国土（浄土）を表す建築・庭園及び考古学的遺跡群− | 文化遺産 |
| 平成23（2011） | 小笠原諸島 | 自然遺産 |
| 平成25（2013） | 富士山−信仰の対象と芸術の源泉− | 文化遺産 |
| 平成26（2014） | 富岡製糸場と絹産業遺産群 | 文化遺産 |
| 平成27（2015） | 明治日本の産業革命遺産 製鉄・製鋼、造船、石炭産業 | 文化遺産 |
| 平成28（2016） | ル＝コルビュジエの建築作品（国立西洋美術館） | 文化遺産 |
| 平成29（2017） | 「神宿る島」宗像・沖ノ島と関連遺産群 | 文化遺産 |
| 平成30（2018） | 長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産 | 文化遺産 |
| 令和元（2019） | 百舌鳥 (もず) ・古市古墳群−古代日本の墳墓群− | 文化遺産 |
| 令和3（2021） | 北海道・北東北の縄文遺跡群 | 文化遺産 |
| 令和3（2021） | 奄美大島、徳之島、沖縄島北部及び西表島 | 自然遺産 |